La Science Chrétienne demande et protège les bonnes mœurs. Expliquant la base scientifique de la moralité, elle montre que les états de conscience moraux, par exemple la chasteté, l'honnêteté, l'affection, le désintéressement, ont une source divine, par conséquent sont réels et doivent être sauvegardés. Quand Mary Baker Eddy eut découvert la loi spirituelle de la guérison, au début elle l'appela souvent « Science morale. » Elle découvrit que le bien est tout, se rendit compte que Dieu est l'unique source du bien, et prouva que la perfection représente pour chacun de nous un droit démontrable.
Quand la moralité est ainsi comprise en Science Chrétienne, le sens moral du disciple s'achemine nécessairement vers la démonstration de la spiritualité absolue qui caractérise l'homme, image de Dieu. Mais si dans ce domaine on s'en remet à l'intuition, sans être éclairé par le Principe divin qui fait voir la base scientifique de la moralité, les supercheries agressives de ce qu'on nomme l'entendement mortel risquent d'émousser la sensibilité morale et d'en provoquer la déchéance. Tous ont droit à la liberté morale; et la Science Chrétienne démontre que le Toutpuissant peut maintenir le caractère de l'homme créé à ressemblance de Dieu. Mrs. Eddy déclare dans The People's Idea of God (p. 3): « Réjouissons-nous de ce que l'arc de l'omnipotence répand déjà sa lumière sur la voûte morale des cieux: l'idée plus spirituelle du bien, de la Vérité, se dessine sur l'ancienne pensée matérielle comme une promesse sur le nuage; à notre époque, elle inscrit sur les pensées des hommes une religion plus métaphysique, fondée sur la Science Chrétienne. »
Lorsque Moïse donna au genre humain la loi morale, il prévit des sanctions pour ceux qui l'enfreindraient; ces mesures étaient nécessaires pour réveiller la conscience, pour apprendre au peuple encore peu expérimenté à faire la distinction entre le bien et le mal. Loin d'abolir les commandements, Jésus le Christ enseigna qu'il faut les observer dans un esprit d'amour et de justice, car la justice de ses disciples devait dépasser « celle des scribes et des pharisiens » (Matth. 5:20). Ce n'étaient pas les pratiques extérieures, mais l'amour et la pureté sincères qui détermineraient l'obéissance à la loi de Dieu. Le Maître interprétait la loi en fonction de l'amour, ce qui favorisa beaucoup les progrès du genre humain dans la direction de l'Esprit. A notre époque, la Science Chrétienne accélère encore cette progression, car elle révèle la perfection absolue de l'homme en tant qu'idée corporelle de l'Entendement; à mesure qu'elle démontre le divin ordre de l'être, le bien moral se confond avec la réalité divine.
Dieu est l'unique créateur, tandis que l'homme est Son rejeton parfait; prenant cela pour base, chacun de nous peut graduellement démontrer son véritable caractère spirituel. Les révélations de la Science divine nous fournissent la norme qui permet de juger toutes les pensées humaines, de les mettre à l'épreuve et de voir si leur source est en Dieu ou dans l'entendement mortel hypothétique. A la lumière de cette norme parfaite, on apprend bientôt que ni l'imperfection ni le relâchement dans les mœurs ne peuvent être excusés. Même un menu mensonge, une légère exagération qui peut induire en erreur, une remarque trop libre qui dénote l'impureté, un mouvement de convoitise — toutes ces choses se décèlent bien vite à celui qui fait des efforts pour s'identifier avec l'idée de Dieu; bientôt ces pensées brumeuses n'arrivent plus à se glisser dans sa conscience pour ternir l'image de l'homme parfait.
Les qualités morales sont relatives plutôt qu'absolues, car elles représentent les attributs de l'Entendement divin tels que l'humanité les perçoit. Un état de conscience moral reconnaît que le bien est vrai, désirable, même si l'on persiste à croire que l'homme est périssable, sujet à la mort. Tant que l'illusion d'une personnalité humaine subsiste dans la pensée, il faut cultiver et nourrir par la Science absolue les qualités morales — la foi, l'honnêteté, la bienveillance.
Notre concept actuel de la santé et de la paix dépend des qualités morales que nous exprimons, car c'est par elles que la loi divine touche les hommes et les bénit. Elles consolident l'harmonie de la race humaine. Nul ne peut s'en passer pour sortir du matérialisme. Les conditions atmosphériques, la fertilité du sol et même l'harmonie de l'univers sont déterminées par une force morale et spirituelle plutôt que physique. Dans Rudiments de la Science divine (p. 4): Mrs. Eddy déclare: « Toute vraie Science représente une force morale et spirituelle, qui maintient la terre dans son orbite. » Saper la rectitude morale, c'est augmenter tous les maux dont souffre la race humaine.
Si le sens moral du disciple paraît limité, fragmentaire; si l'on est par exemple véridique mais irritable, compatissant mais sensuel, sobre mais fier — cet état de conscience peut se corriger lorsqu'on réalise que l'homme reflète pleinement l'Esprit, Dieu Tous les attributs divins sont manifestés par l'homme; à moins qu'ils ne s'expriment, on ne peut dépouiller les tendances humaines et voir l'éternelle perfection du divin.
Par la Science Chrétienne, l'humanité, l'affection, la compassion doivent s'élever et s'étendre jusqu'à ce qu'elles se trouvent dans leur Principe, le divin Amour. L'honnêteté doit faire place à l'intégrité scientifique, l'espérance et la foi doivent se fondre dans l'Ame, l'humilité se résoudre en compréhension, la tempérance être régie par l'intelligence qui gouverne toute réalité. Exhortant les Éphésiens, Paul leur disait qu'il faut être « enracinés et fondés dans l'amour,... et connaître ainsi l'amour du Christ, qui surpasse toute connaissance, pour que vous soyez remplis de toute la plénitude de Dieu » (Éph. 3:17, 19).
Mettre en pratique les règles de la morale, cela réveille les humains, qui peuvent entrevoir la perfection complète de l'homme en Science divine. Ils se purifient graduellement, chose nécessaire si l'on veut démontrer la vie parfaite dans l'Esprit. Ils obéssent au plan de salut tracé par le Père, et suivent en cela l'exemple de Jésus le Christ; ce plan, la Science Chrétienne les exhorte à l'accomplir en faisant preuve d'obéissance et d'humilité.
