La Science Chrétienne a sa propre méthode pour diagnostiquer l'état des patients, mais cette méthode n'est pas basée sur la matière. Une proposition fondamentale de cette Science est que la maladie est mentale, qu'elle est la manifestation extérieure d'un état de pensée troublé, et que l'entendement seul a besoin d'être guéri. Une fois que nous sommes pleinement convaincus que le soi-disant état physique est un état mental, nous n'avons plus le désir de subir un examen médical ou de savoir le nom que le docteur donnerait à notre maladie. Le Scientiste sait que ce dont il a vraiment besoin c'est de manifester la nature divine, d'avoir l'esprit du Christ, et ainsi de mettre en lumière son moi véritable fait à la ressemblance de Dieu.
L'anatomie joue un rôle important dans le diagnostic médical. Et Mary Baker Eddy décrit quelle sorte d'anatomie est indispensable pour se défaire de l'erreur grâce à la Science Chrétienne. Elle dit dans Science et Santé avec la Clef des Écritures (p. 462): « L'anatomie de la Science Chrétienne enseigne quand et comment on doit sonder les blessures de l'égoïsme, de la malice, de l'envie et de la haine, qu'on s'inflige à soi-même. Elle enseigne à maîtriser l'ambition effrénée. Elle déroule l'influence sanctifiante du désintéressement, de la philanthropie, de l'amour spirituel. » Et un peu plus loin elle ajoute: « Le Scientiste Chrétien, grâce à sa compréhension de l'anatomie mentale, discerne et traite la vraie cause de la maladie. Le médecin matériel tâtonne parmi des phénomènes qui varient à tout instant sous des influences qu'il n'a pas prévues dans son diagnostic, ce qui peut le faire trébucher et tomber dans les ténèbres. »
Si, par manque de sagesse, nous nous tournons à nouveau vers les méthodes de l'entendement mortel et obtenons un diagnostic médical, il se peut que nous nous en trouvions plus mal que si nous n'avions pas subi d'examen médical, parce que nous avons négligé la méthode purement mentale du diagnostic scientifique, et acceptons la notion selon laquelle la matière peut provoquer des conditions matérielles.
Notre Leader dit (ibid., p. 370): « Le diagnostic physique de la maladie — puisque l'entendement mortel est forcément la cause de la maladie — tend à produire la maladie. » Certainement aucune personne sensée ne désire courir le risque de provoquer la maladie. La meilleure façon pour nous d'agir, est de voir les conditions physiques comme étant réellement mentales, et d'insister pour traiter la maladie en partant d'une base scientifiquement mentale.
Cela signifie que nous devons comprendre que Dieu est le seul Entendement, la seule présence, le seul pouvoir, et que l'entendement mortel et ses phénomènes sont des illusions. Puisque la maladie est une illusion, il faut la traiter comme telle et jamais comme un état déterminé par une cause et une loi. Tant que nous ne nous défaisons pas de la maladie comme d'une illusion, elle n'a pas réellement disparu. Considérer la maladie comme une supposition, sans substance, sans loi, sans réalité, sans origine, c'est saper sa prétention à l'existence. Tandis que le fait de se demander quel peut bien être le nom de la maladie, tout en ignorant les pensées mortelles qui en sont cause, tend à donner à la maladie le pouvoir de s'attacher à la conscience.
La Science Chrétienne, tout en nous avertissant des effets destructifs du péché, n'attribue pas toutes les maladies à des erreurs personnelles. Elle nous indique clairement que bien des souffrances sont simplement l'effet de la croyance mortelle acceptée dans la pensée individuelle par le patient qui a omis de se protéger contre les croyances générales à la maladie. En de pareils cas, il est erroné de s'efforcer de découvrir quelque péché caché que le patient est censé avoir commis, s'il n'existe pas une telle cause. Le patient sera probablement plus sensible au traitement qui s'attaquera à la crainte, et à la croyance générale qu'il y a vie et sensation dans la matière. En toute circonstance, le traitement scientifique met en lumière tout ce qui doit être détruit dans la pensée.
On critique parfois les Scientistes Chrétiens parce qu'ils n'ont pas subi un examen médical préventif et ont ainsi laissé des conditions discordantes se développer. Mais Mrs. Eddy, parlant de cette situation, dit dans son Message to The Mother Church for 1901 (pp. 33, 34): « Les Scientistes Chrétiens sont des citoyens inoffensifs qui ne tuent pas les gens soit par leur pratique, soit en les empêchant de faire appel à un médecin. » Et elle explique plus loin: « Le laps de temps pendant lequel le patient ne fait pas appel au médecin, et qu'il consacre à la prière et à l'obéissance spirituelle au mode et aux moyens de guérison utilisés par le Christ, ne saurait être funeste au patient, et se révèle plus pathologique que l'ordonnance matérielle du médecin. »
Le point important est d'avoir recours à la prière, d'affirmer de façon scientifique la vérité concernant la perfection de l'homme dans l'Entendement en tant que son idée, pour détruire toute croyance à l'existence de la matière et de ses discordes.
Nous ne devrions jamais mettre fin au diagnostic spirituel avant d'avoir fermement établi dans notre propre conscience la conviction que Dieu est la seule cause, qu'Il donne à l'homme la santé et la vie, et que rien ne peut déposséder l'homme de son héritage divin. Christ Jésus déclara (Luc 17:21): « Le royaume de Dieu est au-dedans de vous. » Et c'est ce royaume, cet état divin de l'Entendement démontré, qui détermine la santé permanente. C'est seulement au ciel que se trouvent la vraie cause, le vrai gouvernement, la vraie loi, et la vraie santé. Parce que le ciel ne change jamais, nous avons perpétuellement accès à tout ce qui contribue à la santé perpétuelle et scientifique.
